El objetivo central del INCITAP es la del desarrollo de las ciencias exactas y naturales en la Provincia de La Pampa, propendiendo ser un lugar de referencia científica en el centro del país. Por otra parte, pretende aumentar la masa crítica de doctores para posibilitar un aumento de docentes con formación doctoral en la Universidad Nacional de La Pampa. Así mismo, busca fortalecer vínculos con distintos organismos privados y del Estado a fin de buscar soluciones y alternativas a problemas puntuales y demandas de la población.