Los objetivos establecidos en el momento de su creación y que determinan su actual estructura institucional son:
1) Desempeñarse como núcleo regional para la investigación básica, aplicada y de transferencia en Ciencias de la Tierra y Ambientales.
2) Afianzar y fortalecer el grupo de investigación y su actividad académica en el ámbito de la Universidad Nacional de la Pampa.
3) Estimular la interacción del grupo de investigación con otras unidades ejecutoras de CONICET.
4) Optimizar la utilización del conocimiento del grupo de investigación a fin de mejorar la capacidad para ejecutar y gestionar proyectos de ciencia y técnica y dar respuestas a las demandas de la sociedad.
Su condición de única UE en una vasta zona geográfica, afianzan al instituto y al objetivo de federalización del conocimiento que posee el CONICET. El INCITAP desarrolla sus actividades en tres Grandes Áreas del Conocimiento (KA, KB, KE) y cinto disciplinas científicas:
CIENCIAS AGRARIAS, INGENIERÍAS Y DE LOS MATERIALES (KA)
Ciencias Agrarias
Ingeniería de Procesos Industriales y Biotecnología
CIENCIAS BIOLOGICAS Y DE LA SALUD (KB)
Biología
CIENCIAS EXACTAS Y NATURALES (KE)
Ciencias de la Tierra, del Agua y de la Atmósfera
Ciencias Químicas.
La conformación heterogénea de las diversas líneas de investigación que componen el INCITAP es el reflejo de su historia y de su lugar. El instituto está llamado a escindirse en el mediano o largo plazo en nuevas unidades ejecutoras que integren un CCT de la zona central semiárida.