Ya se encuentra en funcionamiento en el INCITAP un microscopio electrónico de barrido (SEM, por sus siglas en inglés), que fuera adquirido a la firma Zeiss de Alemania con fondos del Programa Federal Equipar Ciencia I en 2023. Este programa tuvo por objetivo fortalecer las capacidades técnicas provinciales y regionales. Este equipo funcionará en un espacio especialmente acondicionado en el nuevo edificio del Instituto, ubicado en calle Rivadavia 236 de la ciudad de Santa Rosa. Se trata de un instrumental de alta complejidad, único en la Provincia de La Pampa.
Con el SEM será posible analizar muestras de origen orgánico e inorgánico inorgánicas, lo que lo hace muy útil para estudios en diversas disciplinas como medicina, geología, química, biología o ingeniería, entre varios otros. Su alta precisión logra detectar, en algunos casos, estructuras de varios átomos.
Este equipo posee, además, un sistema de microanálisis por dispersión de energía de rayos X que permite identificar elementos químicos y medir sus concentraciones relativas, principalmente en muestras de rocas, minerales y suelos. Es por lo tanto muy útil en estudios relacionados con la minería y el petróleo, entre otros. El microanálisis elemental puede realizarse de dos maneras: sobre el total de la superficie de una muestra o en un sitio puntual de ésta. El primer análisis se visualiza en la pantalla del equipo como un mapa de la concentración de varios elementos, por ejemplo, una combinación de aluminio, cobre, carbono, oxígeno y hierro. Este análisis es útil para conocer la distribución de elementos o especies químicas en el total de la muestra estudiada. El segundo tipo de análisis permite visualizar las curvas espectrales de los elementos y deducir con bastante precisión sus concentraciones.